알림
뒤로


AutoDock


형태학적 특성의 정량적·정성적 평가



Cell viability
analysis

세포 생존율 기반 안전성 및 효능 평가

 AutoDock 기반 분자 도킹 & 결합 친화도 예측 서비스

UMUST R&D의 Docking Simulation CRO 서비스는 AutoDock4 / AutoDock Vina를 활용하여 후보물질(소분자, 천연물, 유도체 등)이 표적 단백질에 어디에, 어떤 자세로(pose), 어느 정도 에너지(ΔG, kcal/mol)로 결합하는지를 예측해 드리는 in silico 기전 분석 플랫폼입니다.


실제 세포·동물실험 이전 단계에서 유망 후보를 선별하고, 이미 확보된 in vitro / in vivo 데이터를 뒷받침하는 기전적 근거(mechanistic rationale)를 제공하여 신약개발·천연물 소재 개발·국책과제 기획 등을 효율적으로 지원합니다.

주요 활용 분야

  • 소분자 기반 표적 신약 후보 발굴 및 리드 최적화
  • 천연물, 한약추출물 유래 유효성분의 작용 타깃 예측
  • Chalcone / Flavonoid / Polyphenol 등 구조–활성 상관 분석
  • 항암제, 항섬유화제, 항염증제, 대사질환 후보물질의 기전 연구
  • Drug repositioning / multi-target drug 기전 검증
  • 논문·특허·국책과제용 in silico 근거 데이터 생성


그림 1. 표적 단백질 활성 부위에 결합한 리간드의 도킹 포즈 예시
그림 1. 표적 단백질 활성 부위에 결합한 리간드의 도킹 포즈 예시

분석 플랫폼 및 지원 스펙

소프트웨어 & 알고리즘 

  • AutoDock4 (Lamarckian Genetic Algorithm 기반) 
  • AutoDock Vina (개선된 scoring function, 고속 도킹) 
  • PyMOL, Chimera 등 3D 시각화 도구 활용 
  • 필요 시 AlphaFold / SWISS-MODEL 구조 연계 가능

지원 표적 단백질 (Receptor) 

  • AutoDock4 (Lamarckian Genetic Algorithm 기반) 
  • AutoDock Vina (개선된 scoring function, 고속 도킹) 
  • PyMOL, Chimera 등 3D 시각화 도구 활용 
  • 필요 시 AlphaFold / SWISS-MODEL 구조 연계 가능

지원 리간드 (Ligand) 

  • AutoDock4 (Lamarckian Genetic Algorithm 기반) 
  • AutoDock Vina (개선된 scoring function, 고속 도킹) 
  • PyMOL, Chimera 등 3D 시각화 도구 활용 
  • 필요 시 AlphaFold / SWISS-MODEL 구조 연계 가능

Docking Simulation 서비스 워크 플로우

STEP 1. 프로젝트 기획 & 타깃 정의

  • 표적 단백질(이름, Uniprot ID, PDB ID) 확정
  • 도킹 목적 정의
    • 예: EGFR에 대한 chalcone 20종 친화도 비교
    • 예: CD36-binding 천연물 후보 발굴
  • Positive control 약물 및 비교군 설정(선택)

STEP 2. 구조 준비
(Protein & Ligand)

  • 단백질 구조 클리닝 (water, 이온, 리간드 처리)
  • 극성 수소 추가, 전하 부여, PDBQT 변환
  • 리간드 3D 구조 생성 및 geometry 최적화
  • 회전 가능한 결합(rotatable bond) 정의

STEP 3. Grid Box 설정

  • Known binding site 기반 활성 부위 지정
  • 공동결정 리간드 자리 주변으로 box 설정
  • Blind docking (binding site 미확정 시 전체 영역 탐색)
  • Grid center 및 size 파라미터 최적화

STEP 4. 도킹 계산 & 분석

  • AutoDock4 / Vina를 활용한 도킹 실행
  • 여러 run을 통해 다양한 pose 생성
  • Binding energy(ΔG, kcal/mol) 기반 순위 정리
  • 상위 pose에 대한 3D/2D 상호작용 분석
그림 2. 표적 정의 → 구조 준비 → 도킹 → 결과 분석까지의 서비스 흐름도
그림 2. 표적 정의 → 구조 준비 → 도킹 → 결과 분석까지의 서비스 흐름도

결합 친화도 & 결합 모드 해석


도킹 결과는 단순한 점수 나열이 아니라, 실제 기전 연구와 연결될 수 있도록 결합 친화도와 결합 양상을 함께 해석해 드립니다. 

Binding Affinity (결합 친화도)

    • Tomocube 기반 지질 방울 수·크기·질량 정량
    • Lipid / cytoplasm 비율 및 시간 의존적 변화 분석
    • 지질 축적과 세포사멸 연관성 평가


리포트 내 예시 텍스트 형식

예시:
  • Candidate A는 표적 단백질의 활성 부위에 -9.2 kcal/mol의 결합 에너지로 결합하였으며,    Lys123와 강한 수소결합, Phe167와의 π–π stacking을 형성하였다.
  • 이는 Positive control(ΔG = -8.0 kcal/mol)보다 높은 친화도에 해당하며,    in vitro 효능 평가를 위한 우선 후보로 제안된다.

Binding Mode (결합 포즈 & 상호작용)

    • 3D 구조에서 리간드 위치 및 자세(pose) 시각화
    • 수소결합, 소수성 상호작용, π–π stacking, salt bridge 분석
    • 주요 아미노산 잔기(예: Lys123, Tyr167 등) 레이블 표시
    • 2D interaction diagram으로 쉽게 이해 가능한 figure 제공


 

Start your innovation.

혁신의 시작, BITOIC 와 함께 하세요.

Docking Simulation CRO 패키지

패키지명
구성 내용추천 용도
Package 1
Basic Docking
• 단일 타깃 + 리간드 1–5개
• AutoDock Vina 기반 도킹
• 상위 pose에 대한 ΔG 제공
• 간단한 결합 모드 서술 포함
논문·과제용 in silico 결과 최소 구성 
Package 2
Multi-ligand Screening
• 단일 타깃 + 리간드 10–100개
• 대량 도킹 + 친화도 순위표 제공
• 상위 N개(예: 10개)에 대한 3D/2D 상호작용 분석
• Structure–Activity 관계 분석 코멘트 포함
천연물 라이브러리, 유도체 시리즈 스크리닝
Package 3
Multi-target Mechanism
• 다중 타깃(예: EGFR, CD36, DJ-1 등) + 소수 리간드
• 각 타깃별 ΔG 비교 및 우선 타깃 제안
• polypharmacology, off-target 가능성 분석
• 기전 가설 수립을 위한 리포트 제공
다중 타깃 작용제, 부작용/안전성 기전 평가
Package 4
Docking + Wet-lab Integration
• 도킹 분석 + 세포/분자실험 연계 제안
• WST-8/LDH, Western blot, qPCR, ICC 등과 통합
• in silico → in vitro → in vivo 기전 스토리 구축
• 논문/특허/국책과제용 Figure & 문장 작성 지원
종합 기전 규명 및 상용화/과제용 종합 패키지


고객사에서 제공해야 할 정보

  • 표적 단백질 정보
    (이름, Uniprot ID, PDB ID 또는 아미노산 서열)
  • 리간드 구조 파일(SMILES, SDF, MOL2 등)
  • 관심 있는 binding site 또는 핵심 잔기 정보(선택)
  • 기존 효능/독성 데이터(있다면 해석에 반영)

※ 구조 정보가 없는 경우, AlphaFold 예측 구조 또는 Homology model 구축에 대한 별도 옵션 상담이 가능합니다.

제공 산출물 (Deliverables)

  • 리간드별 ΔG (kcal/mol) 및 순위표 (Excel 형식)
  • 대표 도킹 포즈의 3D 이미지 (고해상도 PNG/JPG)
  • 2D 상호작용 다이어그램 (hydrogen bond, hydrophobic 등)
  • Methods, Results, Discussion 코멘트를 포함한 분석 리포트(PDF)
  • 논문/과제용 Figure 및 Figure legend(요청 시 제공)

UMUST R&D Docking CRO 서비스의 차별성

  • 단순 도킹을 넘어 “기전 스토리”까지 제시 – Docking 결과를 세포실험, 동물실험, 오믹스 데이터와 연결
  • 천연물·chalcone·플라보노이드·섬유화·심혈관·암 분야 경험 – 고객이 보유한 후보물질 영역에 최적화된 해석 제공
  • 논문·특허·국책과제용 문서 작성 지원 – Methods/Results/Discussion 문장 및 Figure 구성 지원
  • ISO 9001 기반 품질 시스템 – 재현성과 추적성이 확보된 데이터 관리
  • AI/Virtual Screening과의 확장성 – 향후 AI 기반 약물 설계, QSAR, multi-omics와의 연계 가능


Docking Simulation CRO 서비스 문의



귀사의 나노입자, 천연물 또는 신규 항암 후보물질이
어떤 기전으로 세포 죽음과 지질대사 변화를 유도하는지 확인하고 싶으신가요?
세포주 정보, 후보물질 특성, 원하는 분석 범위를 알려주시면,
UMUST R&D가 논문 수준의 기전 분석 패키지와 함께 견적을 제안드립니다.

 


ⓒ UMUST R&D All Rights Reserved.

회사 소개 | 이용 약관 | 개인정보 처리방침 | 서비스 이용방법

CUSTOMER CENTER

서비스 문의: 010-2971-8101

가입 및 의뢰: u-service@naver.com

평일 오전 09:00 ~ 오후 5:00 | 점심시간 오후 12:00 ~ 오후 13:00 토 / 일 / 공휴일 휴무

INFORMATION

대표: 이강파

TEL: 010-2971-8101 

E-mail: bitoic@umust.co.kr 

Address: 서울 도봉구 마들로 13길 61 창동 씨드큐브 C동 303호

ⓒ UMUST R&D All Rights Reserved.

CUSTOMER CENTER

서비스 문의: 010-2971-8101

가입 및 의뢰: u-service@naver.com

주소: 서울 도봉구 마들로 13길 61 창동 씨드큐브 C동 303호

평일 오전 09:00 ~ 오후 5:00 | 점심시간 오후 12:00 ~ 오후 13:00

토 / 일 / 공휴일 휴무