오가노이드 mRNA 발현 분석
암 오가노이드로부터 RNA를 추출하여 종양 관련 유전자 발현 변화를
정량적으로 분석합니다. 항암제 처리 전후의 mRNA 발현을 qPCR
또는 RNA-seq으로 확인하고, stemness, apoptosis, EMT 등
주요 신호 변화와 약물 반응성 분석 결과를 제공합니다.
서비스 소개
3D 오가노이드 또는 spheroid 모델에 후보물질을 처리한 뒤, RNA를 추출하여 특정 유전자 발현 변화와 pathway 반응을 정량하는 분자생물학적 분석 서비스입니다.
3D 오가노이드는 기존 2D 세포모델보다 세포 간 상호작용, 구조적 복잡성, 약물 반응성을 더 입체적으로 반영할 수 있습니다.
BITOIC는 연구 목적에 따라 cancer organoid, tumor spheroid, patient-derived organoid 등 3D 모델을 적용하고, 후보물질 처리 후 RNA extraction, cDNA synthesis, qPCR, RNA-seq, relative expression analysis, marker panel 해석을 연계합니다.
qPCR
RNA Extraction
cDNA Synthesis
ΔΔCt Analysis
Marker Panel
Pathway
이런 경우 오가노이드 mRNA 발현 분석이 필요합니다
후보물질
작용기전 확인
세포독성 또는 성장 억제 이후
pathway 변화 확인
Stemness marker
변화 분석
OCT4, SOX2, NANOG, CD44 등 암 줄기성 marker 확인
EMT marker
분석
E-cadherin, N-cadherin,
Vimentin 변화 확인
Apoptosis /
Survival 분석
BAX, BCL2, CASPASE 계열 등 사멸·생존 유전자 분석
후보물질
비교 평가
농도별 또는 후보물질별
mRNA 발현 변화 비교
오가노이드 mRNA 발현 분석 과정
1. 오가노이드 준비
평가 가능한 3D organoid
또는 spheroid 상태 확인
2. 후보물질 처리
농도, 처리 시간,
대조군 조건 적용
3. RNA 추출
오가노이드 시료 수거 후
total RNA 추출
4. cDNA 합성
RNA quality 확인 후
reverse transcription 진행
5. qPCR / RNA-seq
target gene panel 또는
transcriptome 분석
6. 발현 정량·해석
ΔCt, ΔΔCt,
fold change 해석
평가 가능한 모델
Cancer
Organoid
암세포주 또는 종양 유래
3D 모델 발현 분석
Tumor
Spheroid
stemness, apoptosis,
EMT marker 변화 확인
Patient-derived Organoid
시료 수량과 RNA 추출 가능성
확인 후 분석 검토
Drug Screening Model
복수 후보물질 또는 농도 조건
mRNA 변화 비교
Custom
3D Model
세포주, 처리 조건,
target gene panel 맞춤 설계
핵심 분석 조건
| 조건 | 확인 내용 |
|---|---|
| 사용 모델 | cancer organoid, spheroid, PDO 등 분석 모델 확인 |
| 후보물질 | compound, extract, drug 등 처리 시료 정보 확인 |
| 처리 조건 | 농도, 처리 시간, 반복수, 대조군 구성 확인 |
| 시료 수량 | RNA 추출에 필요한 organoid 수 또는 well 수 확인 |
| RNA quality | RNA integrity, concentration, purity 확인 |
| Target gene | 분석하려는 유전자명 및 marker panel 확인 |
| Primer 정보 | primer 보유 여부, sequence, species, validation 여부 확인 |
| Reference gene | GAPDH, ACTB, 18S rRNA 등 정규화 기준 설정 |
| 후속 분석 | protein analysis, IF imaging, viability 결과와 연계 여부 확인 |
분석 가능 항목
| 분석 항목 | 확인 내용 |
|---|---|
| RNA extraction | 오가노이드 수거 후 total RNA 추출 |
| RNA quality check | RNA 농도, 순도, 품질 확인 |
| cDNA synthesis | reverse transcription 기반 cDNA 합성 |
| qPCR analysis | target gene mRNA 발현 정량 |
| ΔCt / ΔΔCt analysis | reference gene 기준 상대 발현량 계산 |
| Fold change | 대조군 대비 처리군 발현 변화 산출 |
| Marker panel analysis | stemness, EMT, apoptosis, proliferation marker 분석 |
| RNA-seq optional | 전체 transcriptome 수준의 발현 변화 분석 |
| Pathway interpretation | 후보물질 처리에 따른 pathway 변화 해석 |
※ mRNA 발현 분석 가능 여부는 오가노이드 크기, 수량, RNA 수율, RNA quality, target gene 발현 수준에 따라 달라질 수 있습니다.
의뢰 전 확인사항
결과 자료 예시
qPCR Ct Data
sample별 Ct value와
reference gene 원자료
Relative mRNA Expression
대조군 대비 처리군의
상대 발현량 그래프
Marker Panel Graph
stemness, EMT, apoptosis
marker 발현 변화
Gene Signature Interpretation
유전자 발현 변화와
작용 기전 해석
오가노이드에서 후보물질의 유전자 발현 변화를
확인하고 싶으신가요?
후보물질, 처리 조건, target gene, primer 정보를 알려주시면 오가노이드 mRNA 발현 분석
가능 여부와 적합한 qPCR 또는 RNA-seq 분석 조건을 검토해드립니다.
연계 분석 서비스
Organoid 제작
세포독성 평가
단백질 분석
IF imaging
RNA-seq
FAQ
Q1. 암 오가노이드 분석은 기존 세포 실험과 무엇이 다른가요?
3D 구조를 기반으로 실제 종양의 미세환경을 반영하여 보다 생리학적으로 유사한 결과를 얻을 수 있습니다.
Q2. 어떤 분석 방법으로 mRNA 발현을 확인하나요?
qPCR 또는 RNA-seq을 통해 특정 유전자 또는 전체 전사체 수준의 발현을 정량적으로 분석합니다.
Q3. 어떤 유전자들을 분석할 수 있나요?
stemness, apoptosis, EMT 관련 유전자뿐 아니라 연구 목적에 따라 다양한 타겟 유전자 분석이 가능합니다.
Q4. 약물 효능 평가에도 활용할 수 있나요?
네, 항암제 처리 전후의 유전자 발현 변화를 비교하여 약물 반응성과 작용 기전을 평가할 수 있습니다.
Q5. 추가적인 분석도 연계가 가능한가요?
네, 단백질 분석(ICC, Western blot), 기능 평가 및 동물 실험까지 통합 분석 서비스를 제공합니다.
