오가노이드 단백질 분석
암 오가노이드에서 항암 후보물질 처리 후 표적 단백질의 발현 변화를
3D 종양 환경에서 분석합니다. Matrigel 제거, 단백질 추출,
Western Blot 정량 분석을 통해 항암 표적 단백질 조절 효과와
Apoptosis 관련 단백질 변화를 결과 보고서로 제공합니다.
서비스 소개
3D 오가노이드 또는 spheroid 모델에 후보물질을 처리한 뒤, 세포 증식, 사멸, stemness, drug resistance, 신호전달 경로와
관련된 단백질 발현 변화를 분석하는 서비스입니다.
기존 2D 세포 모델에서는 단백질 발현 변화가 빠르게 확인될 수 있지만, 3D 구조 내에서는 약물 침투성, 세포 간 상호작용, 구조적 저항성에 따라 반응 양상이 달라질 수 있습니다.
BITOIC는 연구 목적에 따라 cancer organoid, tumor spheroid, patient-derived organoid 등 3D 모델을 적용하고, 후보물질 처리 후 Western blot, IF imaging, band intensity 정량, marker 변화 해석을 연계하여 분석합니다.
Western Blot
Target Protein
Signal Pathway
Apoptosis
Stemness
Quantification
이런 경우 오가노이드 단백질 분석이 필요합니다
후보물질
작용기전 확인
세포독성 결과 이후
pathway 변화 확인
항암 기전
분석
증식 억제, 세포사멸,
신호전달 억제 확인
Stemness marker
변화 확인
CD44, SOX2 등
암 줄기성 marker 분석
Apoptosis
marker 분석
Cleaved Caspase-3, PARP 등 세포사멸 단백질 확인
후보물질
비교 평가
농도별 또는 후보물질별
단백질 발현 변화 비교
오가노이드 단백질 분석 평가 과정
1. 오가노이드 준비
평가 가능한 3D organoid
또는 spheroid 상태 확인
2. 후보물질 처리
농도, 처리 시간,
대조군 조건 적용
3. 단백질 추출
오가노이드 수거 후
lysis buffer로 추출
4. 전기영동·전이
SDS-PAGE 후
membrane transfer 진행
5. 항체 검출
표적 단백질 및
loading control 검출
6. 정량·해석
band intensity 정량 및
발현 변화 해석
평가 가능한 모델
Cancer
Organoid
암세포주 또는 종양 유래
3D 모델 단백질 분석
Tumor
Spheroid
apoptosis, proliferation,
stemness marker 확인
Patient-derived Organoid
biomass와 조직 상태에 따라
분석 가능 여부 검토
Drug Screening Model
복수 후보물질 또는 농도 조건
단백질 발현 비교
Custom
3D Model
세포주, 처리 조건,
target protein 맞춤 설계
핵심 평가 조건
| 조건 | 확인 내용 |
|---|---|
| 사용 모델 | cancer organoid, spheroid, PDO 등 분석 모델 확인 |
| 후보물질 | compound, extract, drug 등 처리 시료 정보 확인 |
| 처리 조건 | 농도, 처리 시간, 반복수, 대조군 구성 확인 |
| 시료 수량 | 단백질 추출에 필요한 organoid 수 또는 well 수 확인 |
| Target protein | 분석하려는 단백질명 및 예상 molecular weight 확인 |
| Antibody 정보 | 보유 항체 여부, species, host, validation 정보 확인 |
| Loading control | β-actin, GAPDH 등 정규화 기준 설정 |
| 후속 분석 | qPCR, IF imaging, viability 결과와 연계 여부 확인 |
분석 가능 항목
| 분석 항목 | 확인 내용 |
|---|---|
| Protein extraction | 오가노이드 수거 후 단백질 추출 가능성 확인 |
| Western blot | 표적 단백질 발현 변화 검출 |
| Band intensity | 처리군별 band intensity 정량 |
| Normalization | β-actin 또는 GAPDH 기준 상대 발현량 계산 |
| Signal pathway marker | p-ERK, p-AKT 등 신호전달 관련 marker 분석 |
| Apoptosis marker | Cleaved Caspase-3, PARP 등 세포사멸 marker 분석 |
| Stemness marker | CD44, SOX2, Nanog 등 stemness marker 분석 |
| IF imaging | 오가노이드 내 단백질 발현 위치와 분포 확인 |
※ 단백질 분석 가능 여부는 오가노이드 크기, 수량, 세포 수, lysis 조건, target protein 발현 수준에 따라 달라질 수 있습니다.
의뢰 전 확인사항
결과 자료 예시
Raw blot image
표적 단백질과 loading control
원본 blot 이미지
Band intensity graph
처리군별 band intensity
정량 그래프
Normalized expression
β-actin 또는 GAPDH 기준
상대 발현량 계산
Pathway interpretation
신호전달, apoptosis,
stemness marker 변화 해석
오가노이드에서 후보물질의
단백질 발현 변화를 확인하고 싶으신가요?
후보물질, 처리 조건, target protein, 항체 정보를 알려주시면
오가노이드 단백질 분석 가능 여부와 적합한 분석 조건을 검토해드립니다.
연계 분석 서비스
Organoid 제작
세포독성 평가
qPCR
IF imaging
Drug Response
FAQ
Q1. 오가노이드에서 충분한 단백질을 확보할 수 있나요?
오가노이드는 2D 세포 배양 대비 수확 가능한 세포 수가 적으므로, Western Blot 1회 분석 기준 최소 50~100μg의 단백질이 필요합니다. 이를 위해 일반적으로 96-well 기준 20~30개 이상의 오가노이드 돔이 필요하며, 분석 항목 수에 따라 배양 규모를 조정합니다. 착수 전 분석 항목 수와 필요 단백질량을 함께 협의하여 배양 규모를 설계합니다.
Q2. Western Blot 외에 다른 단백질 분석 방법도 가능한가요?
가능합니다. Western Blot 외에도 면역형광 염색(Immunofluorescence)을 통한 조직 내 단백질 위치 확인, ELISA를 통한 분비 단백질 정량, 질량 분석기(LC-MS/MS) 기반 프로테오믹스 분석 등을 제공합니다. 특히 오가노이드를 파라핀 블록으로 제작하여 IHC 염색을 수행하면 3D 구조 내 단백질 발현 분포를 조직 수준에서 시각화할 수 있습니다.
Q3. Matrigel 제거 과정에서 단백질이 손상되지 않나요?
Cell Recovery Solution을 이용한 Matrigel 제거는 4°C 빙냉 조건에서 진행하여 단백질 분해를 최소화합니다. 이후 모든 단백질 추출 과정에서 프로테아제 억제제(Protease inhibitor cocktail)와 포스파타아제 억제제(Phosphatase inhibitor)를 첨가하여 단백질 분해 및 인산화 변형을 방지합니다. BCA 단백질 정량을 통해 추출 수율을 확인한 후 분석을 진행합니다.
Q4. 약물 처리 후 Apoptosis 관련 단백질 분석도 함께 가능한가요?
가능합니다. 항암제 처리 후 Caspase-3·PARP 절단·Bcl-2·Bax 등 세포 사멸 관련 단백질 패널을 Western Blot으로 분석하여 약물의 Apoptosis 유도 기전을 종합적으로 검증합니다. 단백질 분석과 함께 TUNEL 염색 또는 Annexin V FACS 분석을 병행하면 사멸 세포 비율까지 정량화할 수 있어 보다 완성도 높은 데이터 패키지를 제공합니다.
